Con la Risposta n. 13 del 24 gennaio 2020 l’Agenzia delle Entrate si è espressa in merito agli adempimenti a cui sono tenuti gli operatori commerciali che emettono fatture tax free. In particolare, la risposta fornita riguarda cessioni di beni a privati non residenti nella Ue, per le quali va emessa fattura elettronica tramite il sistema OTELLO 2.0.
L’Agenzia chiarisce che, nel caso in cui il corrispettivo sia certificato tramite l’emissione della fattura tax free, non occorre procedere alla memorizzazione elettronica e trasmissione telematica del corrispettivo e all’emissione del documento commerciale. I due documenti, infatti, sono tra loro alternativi e non concorrenti.
Tuttavia, qualora il cedente, oltre ad emettere la fattura tax free, dovesse memorizzare elettronicamente e trasmettere telematicamente all’Agenzia delle entrate il dato del corrispettivo giornaliero, ed emettere quindi il documento commerciale, in tale ipotesi, al fine di dare evidenza, in caso di controllo, che si tratta di una duplicazione della documentazione del medesimo corrispettivo, potrebbe essere utile:

conservare copia della fattura tax free, sulla quale annotare il riferimento del documento commerciale emesso per certificare la medesima cessione;
tenere memoria del citato documento in un apposito registro.

Fonte: https://www.agenziaentrate.gov.it